Ο Φορέας Διαχείρισης Εθνικού Δρυμού Αίνου ιδρύθηκε το 2002, αρχικά για την προστασία και τη διαχείριση του Εθνικού Δρυμού Αίνου, o οποίος ιδρύθηκε το 1962, κυρίως για να προστατευθεί ότι είχε απομείνει από το άλλοτε ακμαίο και μεγαλόπρεπο δάσος του, το οποίο συνίσταται σχεδόν αποκλειστικά από ένα από τα ωραιότερα δασικά δένδρα, δηλαδή από την κεφαλληνιακή Ελάτη (Abies cephalonica).

Από τον Φεβρουάριο του 2018 ανέλαβε την προστασία και την διαχείριση όλων των προστατευόμενων περιοχών της Κεφαλονιάς – Ιθάκης, που ανήκουν στο Ευρωπαϊκό δίκτυο Natura 2000. Για τη διαχείριση τους χρηματοδοτείται από πόρους του ΥΠΕΝ, του Πράσινου Ταμείου και μέσω ευρωπαϊκών συγχρηματοδοτούμενων και άλλων ερευνητικών προγραμμάτων.